充分に熟成した菌床は、非常にデリケート。外から大きな衝撃を与えると、それに反応して一気にキノコの芽が発生してしまうこともあるほど。この菌床を開封し、シイタケの育成に適した「発生室」に移すと、いよいよキノコの発生となります。

発生室内は、気温20度、湿度75％で、きのこの発生に最も適した自然環境を再現することを目指しています。また、常にこの環境を維持するため、各施設の温度と湿度は社内ネットワークを通して管理すると共に、長年にわたりデータベースに蓄積。品質管理に活用する他、研究開発にも役立てています。

菌床から発生したシイタケは、小さな芽が子実体（しじったい＝いわゆるキノコのカタチ）となり、十分にカサが開いたら収穫となります。発生室に移して、おおよそ１週間目で最初の収穫を迎え、その後50～60日間収穫は続きます。

シイタケは、菌床からさまざまな方向に向かって伸び、その生え方にはまったく統一性がありません。したがって、シイタケの摘み取りはひとつひとつ人間が手作業でおこないます（機械では出来ない作業です）。こんなところも、キノコの気まぐれな一面なのです･･･。

こうして収穫したシイタケは、人の目とCCDカメラを搭載した選別機によって、５mm単位でサイズ別に選別され、お客様のところへと出荷されます。